Йона Харари, опытный сотрудник Моссада, после неудачной операции в Болгарии оказывается на новом посту — руководителя курса подготовки новых агентов. Чтобы отобрать наиболее подходящих кандидатов, он организует уникальный практикум-экзамен. Претенденты, объявленные иранскими шпионами, должны скрыться от преследования и в назначенное время явиться на территорию учебного центра Моссада. Лишь 13 из них, успешно справившихся с этой задачей, становятся курсантами академии.
В процессе обучения курсанты осваивают разнообразные шпионские навыки: установку скрытых камер и прослушивающих устройств, методы скрытого наблюдения и обольщения для получения информации. Однако не все, кто не справляется с заданиями, могут продолжить обучение — они исключаются из академии. Тем не менее, тренинг курсантов служит лишь фоном для более серьезных событий, которые постепенно раскрывают тайну провала операции в Болгарии. В ходе обучения на поверхность всплывают интриги, предательства и сложные моральные выборы, которые ставят под сомнение саму природу шпионской работы. Моссад 101: Академия шпионов — это не только история о подготовке агентов, но и глубокое исследование человеческой природы в условиях предельной опасности.