В последние дни Второй мировой войны камикадзе Коити Сикисима совершает посадку на острове Одо, где расположена ремонтная база императорской армии Японии. В тот же вечер на его команду нападает гигантский ящер, которого местные жители прозвали Годзиллой. Это чудовище, возникшее из глубин ужаса и разрушений, станет символом новой эпохи.
После этого кошмара Коити возвращается в Токио, где его жизнь разрушена: родители погибли, а дом превратился в груду обломков. В этом хаосе он встречает девушку, также потерявшую семью, которая спасла младенца во время налета. Вместе они пытаются начать новую жизнь, находя утешение друг в друге и в заботе о ребенке.
Время идет, и Коити находит работу в команде по разминированию в Токийском заливе. Однако их мирное существование оказывается под угрозой, когда их деревянный катер сталкивается с Годзиллой, который стал еще более ужасным после ядерных испытаний на атолле Бикини. Встреча с этим чудовищем заставит Коити вновь столкнуться с ужасами войны и осознать, что прошлое не отпускает его. Теперь ему предстоит сделать выбор: бороться за выживание или сдаться перед лицом неизбежного зла.
