После трагической гибели своей бывшей возлюбленной Питер Паркер погружается в глубокую депрессию, терзаясь чувством вины и сожаления о прошлом. Он начинает сомневаться в целесообразности своего альтер эго — Человека-паука, рассматривая возможность навсегда оставить его позади. В это время в его жизни появляется неизлечимо больной ребенок, который мечтает встретиться с Человеком-пауком. Эта просьба становится для Питера знаковым моментом — он понимает, что его супергеройская сущность может принести радость и надежду не только ему самому, но и тем, кто нуждается в поддержке и вдохновении.
Питер решает исполнить желание ребенка и вновь надевает маску Человека-паука, начиная путь к искуплению. Встреча с мальчиком становится для него не только возможностью помочь, но и шансом осознать, что даже в самые темные времена можно найти свет. Параллельно с этим он сталкивается с собственными демонами, и его внутренние переживания становятся важной частью сюжета. «Человек-паук: Лотос» — это история о надежде, потере и о том, как любовь может исцелять даже в самых тяжелых обстоятельствах.
