Действие мультфильма разворачивается в XXVI веке, когда человечество столкнулось с катастрофической угрозой: страшный вирус уничтожил 99% населения Земли, оставив лишь два государства, находящихся в состоянии постоянного противостояния. Одно из них — анархистская Моника, где царят хаос и свобода, а другое — тоталитарная Бренна, жестко контролируемая ученым-диктатором Тревором Гудчайлом. В этом мире, полном опасностей и интриг, главной героиней становится Эон Флакс, талантливый суперагент из Моники, обладающий выдающимися боевыми навыками и умением манипулировать людьми. Ее цель — устранение Гудчайла, который угрожает не только ее народу, но и всему оставшемуся человечеству. Эон погружается в мир шпионских игр, предательств и загадок, где каждый шаг может стать последним. Сражаясь с охраной и раскрывая тайны Бренны, она стремится изменить судьбу мира, но на пути к цели ей предстоит столкнуться с собственными сомнениями и внутренними демонами. В этом мрачном и жестоком будущем Эон Флакс становится символом надежды, готовой бросить вызов системе, чтобы вернуть человечеству право на жизнь и свободу.
