В центре сюжета романтической комедии "Что случилось с секретарём Ким?" находится история отношений Ли Ён Джуна (Пак Со Джун), вице-президента влиятельной компании "Юиль Груп", и его преданного секретаря Ким Ми Со (Пак Мин Ён). Ли Ён Джун - идеальный мужчина, обладающий высоким интеллектом и безупречными внешними данными. Однако его нарциссизм и самовлюбленность делают совместную работу с ним настоящим испытанием для окружающих. Ким Ми Со, которая проработала в компании девять лет, всегда поддерживала своего босса, но на протяжении всего времени терпела его капризы и высокомерие.
Сюжет начинает разворачиваться, когда Ким Ми Со решает уйти с работы, что становится настоящим шоком для Ли Ён Джуна. Он вдруг осознает, что его жизнь без нее будет пустой и бессмысленной. Пытаясь вернуть секретаря, он начинает осознавать свои чувства и, наконец, открывает для себя, что за его холодной оболочкой скрывается нежное сердце. Смешивая юмор, романтику и неожиданные повороты, фильм показывает, как два совершенно разных человека могут найти общий язык и преодолеть преграды на пути к счастью. В результате их отношения становятся не только профессиональными, но и личными, и оба героя учатся ценить друг друга по-настоящему.