В центре сюжета фильма «Призрачная башня» разворачивается напряженная и драматическая история, в которой агенты ФБР и ЦРУ вынуждены объединить свои усилия для борьбы с нарастающей угрозой со стороны Усамы бен Ладена и террористической организации «Аль-Каида». Сначала сотрудничество между двумя ведомствами кажется многообещающим, однако вскоре на первый план выходят внутренние конфликты и соперничество, что приводит к недопониманиям и ошибкам в оценке ситуации. Постепенно напряжение нарастает, и вместо единой борьбы с террористической угрозой, агенты начинают действовать вразнобой, что в конечном итоге приводит к катастрофическим последствиям. Трагедия 11 сентября становится результатом этих разногласий, открывая новую главу в истории международной безопасности и приводя к началу войны в Ираке. Фильм исследует сложные отношения между службами безопасности, их внутренние конфликты и последствия, которые могут возникнуть из-за недостатка координации и взаимопонимания в условиях глобальной угрозы.