В недалеком будущем мир разделен на два противостоящих блока: Западный и Восточный, между которыми царит напряженная холодная война. В этом мрачном и опасном мире шпионка-киборг по имени Милен, известная под кодовым номером 009-1, отправляется на секретное задание в страну J, расположенную на границе между двумя державами. Ее цель – разоблачить сеть торговцев людьми, которые используют конфликт для своих темных дел.
Однако в ходе выполнения задания Милен неожиданно встречает Криса, молодого человека, обладающего ценными сведениями о деятельности преступников. Их встреча становится не только поворотным моментом в ее миссии, но и пробуждает в ней чувства, о которых она никогда не думала. Крис открывает ей глаза на реальность, полную страха и отчаяния, но также и на надежду и человечность.
Когда миссия подходит к концу, Милен успешно завершает задание, однако образ Криса не покидает ее. Она начинает осознавать, что в этом мире, полном манипуляций и предательства, важнее всего сохранить свою человечность. Теперь, когда она вернулась в Западный блок, мысли о Криса терзают ее, заставляя задуматься о том, что значит быть человеком в мире, где все измеряется лишь холодным расчетом и политическими интересами. «009-1: Конец начала» — это история о любви, преданности и поиске своего места в мире, где доверие стало роскошью.