В 9784 году по летоисчислению Содружества, ницшеанцы восстали против власти Содружества Систем, стремясь к освобождению и созданию собственного порядка. Эта борьба привела к войне, способной изменить судьбу всего мира. Чтобы остановить наступление врага, на встречу их флоту был отправлен крейсер «Созвездие Андромеды», мощнейшее судно, когда-либо созданное человечеством, под командованием капитана Дилана Ханта. Однако, «Андромеда» попала в ловушку ницшеанцев и оказалась в плену временной аномалии у черной дыры в системе Гефеста. Не имея шансов на спасение, капитан приказал экипажу эвакуироваться, но сам остался с кораблем. Вскоре Содружество было повержено, а Ницшеанская Империя так и не возникла. Вселенная погрузилась в эпоху «Долгой Ночи», охваченную хаосом и тьмой.
Прошло 303 года, прежде чем корабль «Эврика Мару» под командованием Беки Валентайн сумел освободить «Андромеду» с орбиты черной дыры. Для вселенной эти три века стали вечностью, в то время как для Дилана Ханта прошла лишь доля секунды. Воссоединившись с экипажем «Эврики Мару», капитан Хант принялся за сложную миссию по восстановлению Содружества Систем, осознавая, что путь к этой цели будет долгим и тернистым.
