В центре сюжета «Аллигатор 2: Мутация» стоит злой и безжалостный бизнесмен, владелец фабрики по производству ядовитых химикатов. Его жадность не знает границ: он без зазрения совести сбрасывает все отходы своего производства в городское озеро, которое уже давно стало жертвой загрязнения. В этом водоеме смешиваются токсичные химикаты и стоки городской канализации, превращая его в настоящую экологическую катастрофу. Несмотря на опасность, местные рыбаки продолжают приходить сюда в поисках улова, не подозревая о том, какие ужасные последствия могут их ожидать.
История начинается с того, как двое рыбаков, решивших провести ночь на берегу озера, сталкиваются с неожиданным и ужасающим обитателем — гигантским крокодилом, который, похоже, адаптировался к ядовитой среде и стал настоящим хищником. Этот крокодил, мутировавший под воздействием токсичных отходов, представляет собой не только физическую угрозу, но и символ того, как человеческая жадность может привести к катастрофическим последствиям. Вторая серия «Аллигатора» погружает зрителей в мир, где природа мстит за человеческие ошибки, и борьба за выживание становится вопросом жизни и смерти.