В мирном и спокойном Ретровилле наступил настоящий хаос: инопланетяне решили устроить налет на этот идиллический городок! Пока Джимми Нейтрон весело проводил время в луна-парке со своими друзьями, небеса окутались яркими огнями, и пришельцы похитили родителей всех детей. Сначала жизнь без строгих мам и пап казалась ребятам настоящим праздником, но вскоре беззаботные дни обернулись тягостной тоской и одиночеством. Отчаявшись, Джимми, известный своим умом и изобретательностью, решает взять ситуацию в свои руки. С помощью своей верной собаки-киборга он начинает создавать флот космических кораблей, готовых к межгалактическому путешествию.
Собрав осиротевших друзей, Джимми смело отправляется в космос, чтобы вернуть своих родителей и восстановить порядок в Ретровилле. На этом пути их ждут захватывающие приключения, неожиданные встречи и множество испытаний. Смелость, дружба и гениальные изобретения помогут им преодолеть все трудности и вернуть своих близких домой. "Джимми Нейтрон: Мальчик-гений" — это история о том, как важно не сдаваться и бороться за своих родных, даже когда кажется, что все потеряно.