Китай, начало 1990-х годов. В это время правительство строго контролирует соблюдение политики «одна семья — один ребенок», что приводит к трагическим последствиям для многих семей. Главные герои — рабочие металлургического завода, которые скрывают вторую беременность жены. Однако их тайна вскоре становится известной в профсоюзе, и глава комитета по рождаемости убеждает женщину сделать аборт на третьем месяце. Операция заканчивается осложнениями, которые навсегда лишают ее возможности иметь детей.
Несмотря на горечь утраты, жизнь пары продолжает идти своим чередом. Но вскоре происходит еще одна трагедия: их единственный сын тонет во время игры на реке. Чтобы справиться с горем и начать новую жизнь, супруги решают переехать к морю в провинцию Фуцзянь, в город, где говорят на незнакомом диалекте и где все кажется чуждым. Здесь они усыновляют мальчика, надеясь заполнить пустоту в своих сердцах. Однако, когда новый сын становится подростком, он начинает бунтовать и сбегает из дома, вновь ставя под сомнение хрупкие связи семьи и их стремление к счастью. Фильм «Прощай, сын мой» погружает зрителя в мир сложных отношений, утрат и поисков идентичности в условиях жесткой социальной реальности.