Агентам ФБР Дане Скалли и Фоксу Малдеру поручают расследование уникального проекта под названием «Секретные материалы». Этот архив включает в себя множество нераскрытых дел, связанных с паранормальными явлениями, от исчезновений до загадочных существ. Малдер, верящий в существование пришельцев и других необычных явлений, старается убедить своего партнера Скалли, которая является скептиком и придерживается научного подхода, что некоторые события не могут быть объяснены с помощью традиционных методов.
Скалли, будучи врачом и учёным, изначально настроена скептически и стремится найти рациональные объяснения для всех аномалий. Однако по мере их совместной работы и расследований, она начинает открываться новым идеям и фактам, которые ставят под сомнение её прежние убеждения.
Между двумя агентами постепенно формируется глубокая связь, основанная на доверии и взаимопонимании. Их отношения развиваются от профессионального сотрудничества к настоящей дружбе, а затем и к более глубоким чувствам. В процессе работы над делами «Секретных материалов» они сталкиваются с не только с паранормальными явлениями, но и с личными демонами, что делает их путешествие ещё более захватывающим и эмоциональным.