Известный российский постановщик кинотрюков Александр Конов решает реализовать амбициозный проект — снять фильм, который объединит российскую и французскую культуры. Однако его замыслы быстро начинают рушиться, когда он оказывается втянутым в запутанную историю, связанную с убийством и ограблением потомков династии Романовых. Конов становится главным подозреваемым и попадает под пристальное внимание как французской полиции, так и российских сыщиков. Вскоре он оказывается в центре сенсационного дела о похищении Великого князя Дмитрия Романова, наследника российских императоров.
На фоне исторических событий развиваются сложные взаимоотношения между персонажами, которые сталкиваются с утратами и находками. Личная жизнь Конова переплетается с историей страны, и в этом клубке судьбы каждый герой должен проявить мужество и, порой, мастерство боевых искусств, чтобы выжить и защитить свои идеалы. Фильм исследует, насколько трудно добиться счастья и чувства принадлежности к Родине, подчеркивая, что ничего не дается даром. «Мальтийский крест» становится не только исторической драмой, но и глубокой философской притчей о ценностях, которые мы выбираем в жизни.