Действие фильма "Завоевание планеты обезьян" происходит через два десятилетия после бегства Зиры и Корнелиуса с Планеты Обезьян. На Земле, где некогда царствовали собаки и кошки, их место заняли обезьяны. Люди, столкнувшись с исчезновением домашних животных, начали держать обезьян в качестве питомцев и обучать их выполнять простые домашние задачи. К 1991 году общество Америки трансформируется в систему, где обезьяны становятся объектами эксплуатации, а рабовладельческий строй начинает набирать силу.
В этот мрачный период в город приезжает Армандо, владелец цирка, с Цезарем — единственным потомком обезьян из будущего, который считался погибшим. Армандо оказывается в центре внимания властей, вновь заинтересовавшихся наследием Зиры и Корнелиуса. Цезарь, обладая выдающимся интеллектом и способностью говорить, становится свидетелем жестокости, с которой обращаются с его сородичами. Понимая всю несправедливость происходящего, он решает использовать свои дарования для борьбы за права обезьян и противостояния угнетению, что приводит к масштабным событиям, способным изменить судьбу как людей, так и обезьян.