После ужасной трагедии, произошедшей в школе, когда Хидэо Симада устроил настоящую кровавую баню, жизнь Синъити кардинально меняется. Он переживает не только утрату матери, но и осознание, что мир полон опасностей, скрывающихся под маской обычных людей. Непрошенные твари — паразиты, которые захватывают человеческие тела и умы, становятся его личной целью. Синъити принимает решение истреблять их одного за другим, чтобы защитить тех, кто ему дорог, и отомстить за свои потери.
Тем временем полиция начинает расследование и выходит на след маньяка-психопата, обладающего уникальной способностью распознавать паразитов среди людей. Его знания и навыки становятся важным ресурсом в борьбе с этой угрозой. В то же время Рёко Тамия продолжает свои эксперименты с материнством, стремясь понять, как можно создать идеального потомка. Эти две линии сюжета переплетаются, создавая напряжение и интригу, пока Синъити сражается с собственными демонами и внешними врагами. В "Паразит: Часть 2" зрители увидят, как борьба за выживание и поиск смысла в хаосе становятся центральными темами, заставляющими героев делать трудные выборы и сталкиваться с последствиями своих действий.