Действие фильма "Эскадрилья №5" разворачивается в напряженной атмосфере военного времени, когда судьба страны висит на волоске. Советская разведка получает секретный приказ высшего командования фашистской Германии о планируемом переходе советской границы. В ответ на это, тысячи советских самолетов взмывают в небо для выполнения решающего удара по немецким аэродромам. В числе участников этой операции — эскадрилья №5, которой командует опытный майор Гришин и его верный напарник капитан Нестеров.
Несмотря на успешное уничтожение воздушных сил противника, два самолета эскадрильи подвергаются атаке и падают на вражеской территории. Гришин и Нестеров, проявляя мужество и находчивость, приземляются с парашютами на вражескую землю. Используя захваченную немецкую радиостанцию, они вызывают поддержку от своих товарищей, организуя бомбежку подземных ангаров врага.
С помощью немецкого солдата-антифашиста, который решает помочь советским летчикам, Гришин и Нестеров захватывают вражеский самолет. Этот рискованный план становится их единственным шансом на возвращение домой. На фоне стремительных боевых действий и угрозы, нависшей над их жизнью, герои проявляют не только храбрость, но и верность своим идеалам, стремясь внести свой вклад в победу над фашизмом.