В центре сюжета «Плачущий убийца» оказывается молодой гончар Ё Хиномура, чья жизнь кардинально меняется после похищения. Его насильно «перепрограммируют» в элитного убийцу, наделяя особыми способностями, которые позволяют ему устранять самых опасных противников его новых повелителей — главарей якудза. Ё, ранее живший простой и мирной жизнью, теперь вынужден выполнять приказы безжалостных хозяев, становясь орудием смерти в руках преступного мира.
Однако однажды его путь пересекается с красавицей Эму, которая становится случайной свидетельницей одного из его жестоких преступлений. Согласно жестоким законам клана, Эму должна быть устранена, чтобы не раскрыть секреты, которые могут привести к катастрофе для организации. Теперь Ё находится в ловушке: он должен выполнить свой долг как убийца, но в то же время его терзают угрызения совести. Внутренний конфликт и борьба за спасение Эму становятся для него настоящим испытанием. Сможет ли он преодолеть свою новую природу и защитить ту, кто стала для него символом надежды? В этом напряженном и драматичном рассказе переплетаются темы предательства, любви и искупления, заставляя зрителей задуматься о том, что значит быть человеком в мире, полном насилия.
